《环境保护税法》和《环境保护税法实施条例》已于2018年1月1日施行。作为涉及业户众数又关系“菜篮子”供应的一个重要行业，自《环保税法》颁布以来，畜禽养殖业环保税问题就一直备受关注。

《环保税法》第十二条明确规定，农业生产排放应税污染物的，暂予免征环保税;同时特别注明：不包括规模化养殖。
其目的就在于引导更多的规模化畜禽养殖场提高粪便等副产物的利用率，减少乃至不向环境排放污染物。
《实施条例》第四条进一步作出规定：“达到省级人民政府确定的规模标准并且有污染物排放口的畜禽养殖场，应当依法缴纳环境保护税;依法对畜禽养殖废弃物进行综合利用和无害化处理的，不属于直接向环境排放污染物，不缴纳环境保护税。”进一步明确了《环保税法》推动规模化畜禽养殖场提高副产物利用率、减少排污的基本导向。
正确理解和把握《环保税法》及《实施条例》关于畜禽养殖环保税的规定，要注意以下两个方面:
一方面是“规模化”的概念。
依照《环保税法》第十二条规定，“规模化养殖”排污不免税，并于附表二《应税污染物和当量值表》之四注明“仅对存栏规模大于50头牛、500头猪、5000羽鸡鸭的畜禽养殖场征收”，明确了征收环保税的畜禽养殖场的品种(即猪、牛、鸡、鸭)及最低规模。
《实施条例》第四条进一步明确规定，纳入征缴范围的养殖场要“达到省级人民政府确定的规模标准”。因此，畜禽养殖场征缴环保税的规模标准依法应是达到省级政府规定规模标准且存栏规模大于50头、500头和5000羽的猪、牛、鸡和鸭养殖场。
另一方面是“排放应税污染物”的概念。
首先，《环保税法》和《实施条例》没有直接明确畜禽粪便等养殖副产物是否属于应税固体废物。《实施条例》第二条规定：“环境保护税法所附《环境保护税税目税额表》所称其他固体废物的具体范围，依照环境保护税法第六条第二款规定的程序确定。”
《环保税法》第六条第二款规定：“应税大气污染物和水污染物的具体适用税额的确定和调整，由省、自治区、直辖市人民政府统筹考虑本地区环境承载能力、污染物排放现状和经济社会生态发展目标要求，在本法所附《环境保护税税目税额表》规定的税额幅度内提出，报同级人民代表大会常务委员会决定，并报全国人民代表大会常务委员会和国务院备案。”
其次，由于畜禽养殖场臭气未列入环保税法附表二之五，不属于目前法定的应税大气污染物。可见，依照环保税法，畜禽养殖场排放的应税污染物，目前只包含水污染物，既不包含固体废物，也不包括臭气。
第三，要说明什么叫排放应税污染物。《实施条例》第四条强调“依法对畜禽养殖废弃物进行综合利用和无害化处理的，不属于直接向环境排放污染物，不缴纳环境保护税。”
《水污染防治法》第一百零二条规定了什么是水污染以及什么是水污染物：“水污染，是指水体因某种物质的介入，而导致其化学、物理、生物或者放射性等方面特性的改变，从而影响水的有效利用，危害人体健康或者破坏生态环境，造成水质恶化的现象。”
“水污染物，是指直接或者间接向水体排放的，能导致水体污染的物质。”《畜禽规模养殖污染防治条例》第十八条规定：“将畜禽粪便、污水、沼渣、沼液等用作肥料的，应当与土地的消纳能力相适应，并采取有效措施，消除可能引起传染病的微生物，防止污染环境和传播疫病。”
简而言之，畜禽养殖环保税的征收有两个条件：
第一，养殖场达到规定规模，即达到省级政府规定的且不低于环保税法规定征税规模标准;
第二，排放应税污染物，即有污染物排放口。对规模以下和没有排污口的养殖场及放牧，不征收环保税。即，特定养殖品种、规模以上、有排污口的养殖场，将被征收环保税。对于没有排污口但有违法排污行为的养殖场，则需要依法处罚并追缴环保税(《实施条例》第七条)。
可见，《环保税法》及《实施条例》关于畜禽养殖环保税的有关规定，目的在于利用税收这一更为强有力的政策工具，引导和推动规模化畜禽养殖场提高粪便等副产物的利用率，减少乃至不向环境排放污染物，而不是迫使养殖场都上马污水处理厂，搞达标排放，更不是为了通过增加税收限制养殖业规模化发展。
这样规定，一是有利于促进畜禽粪便等副产物的利用率提高，减少污染物排放;二是有利于降低养殖业环境治理成本，推动行业绿色转型和持续发展;三是有利于提高种养结合水平，提高综合效益;四是有利于提升土壤有机质含量，改善农业生态环境，提升农业可持续发展能力;五是有利于促进农产品品质优化和档次提升，促进农业供给侧结构性改革。
显然，畜禽养殖环保税征收的主要依据是养殖场存栏规模和是否有排污口和排污行为，而不是单纯按养殖量来征收的“猪头税”。